新长基因间非编码RNAs在小鼠肝发育中的系统鉴定工作取得重要进展

7月11日，我校生命学院吕杰博士在《Molecular Genetics and Genomics》在线发表了题目为《Identification and characterization of long intergenic non‑coding RNAs related to mouse liver development》的研究论文。该研究首次暗示了lincRNAs在肝脏发育中的重要作用，并提供了候选的肝发育相关的新长基因间非编码RNAs（lincRNAs）。该项研究具有重要的理论意义和潜在应用价值。该论文是吕杰博士继去年发表在《Nucleic Acids Research》的《Long non-coding RNA identification over mouse brain development by integrative modeling of chromatin and genomic features》论文后关于lincRNAs预测的另一个重要工作。该项研究受到国家自然科学基金（基于RNA-seq数据识别胚胎发育相关的lncRNA及新候选lncRNA的鉴定及功能研究）支持。

长非编码RNAs (lncRNAs)是一类长度大于200的非编码RNAs的RNA转录本。在过去的几年内，长非编码RNAs受到世界范围内的广泛关注。肝脏是葡萄糖代谢和体内代谢平衡的重要器官。然而，在肝脏中对lncRNAs的鉴定和功能注释工作还远远未达到揭示肝脏功能发挥的地步。因此，有必要全面而系统地鉴定肝脏发育涉及的lncRNAs。在这篇文章里，我们系统地组装了三套小鼠肝发育时期的RNA-Seq数据，并鉴定了4882个推测的lincRNAs。和已知的基因注释进行比较后，我们建立了一个包含小鼠肝脏表达的6602个转录本的目录，并发现lincRNAs与编码基因之间存在较大的基因组水平的差异，而已知和新推测的lincRNAs差别不大。此外，功能富集分析发现推测的lincRNAs和基本的生物学过程包括RNA剪切、蛋白定位和脂肪代谢过程相关，暗示lincRNAs在肝发育中发挥着重要作用。对挑选的两个胚胎特异表达的lincRNAs进行验证后发现它们的qRT-PCR数据和RNA-Seq数据吻合度较高，表明了我们方法的有效性。我们的研究成果表明差异表达的lincRNAs可能在肝发育中发挥重要调控作用。鉴定的推测的lincRNAs是进一步功能研究的重要资源。

文章链接：http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs00438-014-0882-9