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张岩教授课题组在超级增强子研究的新资源取得重要进展
发布人:马文君  发布时间:2019-11-12   浏览次数:10

20191031日《Nucleic Acids Research》(IF 11.147)在线发表了生命科学与技术学院张岩教授课题组的新成果《SEA version 3.0a comprehensive extension and update of the Super-Enhancer》。超级增强子(Super-enhancerSE)是基因组中大量增强子富集的转录调控区域,能够大幅度地激活基因的表达,且具有较高的组织特异性,在发育、肿瘤等过程中均扮演着重要的角色。为了推动超级增强子相关研究的进展和深入,课题组开发了最新版本的超级增强子数据库SEAv.3.0http://sea.edbc.org),集超级增强子查询,下载,可视化,分析于一体的综合平台,提供标准查询、基因组浏览器、个性化分析工具和SEs数据下载。数据库存储了11个物种164,545个超级增强子(人,小鼠,果蝇,线虫,斑马鱼,鸡,黑猩猩,恒河猴,绵羊,非洲爪蟾和棘背鱼)以及3,361,785个典型增强子。同时提供超级增强子区域的染色质相互作用、SNPs、转录因子结合位点和SpCas9靶位点的信息。嵌入基于香农熵的工具用于评估SEs细胞类型的特异性。研究人员通过SEA v.3.0的基因组浏览器,可实现基于Hi-C数据的SEs空间交互可视化以及SEs相关基因的在线功能富集分析张岩教授指出:超级增强子作为细胞识别基因的重要调控子,其调控机制的深入解析将有助于揭示干细胞多能性、定向分化和癌症重要的调控子。对于具体癌症类型中的超级增强子的识别和深入分析将为个体医疗提供重要的靶标。SEA v. 3.0提供了跨多个物种的所有可用SE信息的全面数据库,并将促进超级增强子的研究,特别是与发育和疾病相关的研究。” 

张岩教授为该论文的通讯作者,博士研究生陈传庚、周殿双为并列第一作者。课题组的博士和硕士研究生在数据搜集、处理过程中做了大量贡献。本项目得到国家自然科学基金委项目、哈工大重大科研项目培育计划等资助。

论文链接:https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz1028/5610346